我國憲法第77條規定：「司法院為國家最高司法機關，掌理民事、刑事、行政訴訟之審判及公務員之懲戒。」，明文規定司法權掌理公務員的懲戒，與行政機關依公務人員考績法規定，就公務人員年終考績或專案考績結果所為的懲處間，多所重疊，二者間之關係為何？長期一直存在著爭議。在過去傳統特別權力關係開始被突破時，行政機關依公務人員考績法規定所為免職處分的權利救濟，即成為大法官對此爭議表示立場的切入點。
免職處分的權利救濟—大法官解釋回顧
釋字第243號解釋表示「對於公務員所為具有懲戒性質之免職處分，不論其形式上用語如何，實質上仍屬懲戒處分」，並認中央機關依公務人員考績法或相關法規之規定，對公務員所為的免職處分，應許其提起行政訴訟；釋字第298號解釋進一步加以補充，認「司法院為公務員懲戒之最高機關，非指國家對公務員懲戒權之行使，一律均應由司法院直接掌理。公務員之懲戒乃國家對其違法、失職行為之制裁，此項懲戒為維持長官監督權所必要，自得視懲戒處分之性質，於合理範圍內，以法律規定由長官為之」，並認「關於足以改變公務員身分或對於公務員有重大影響之懲戒處分，受處分人得向掌理懲戒事項之司法機關聲明不服，由該司法機關就原處分是否違法或不當加以審查，以資救濟」，至於「受非懲戒性質之免除現職處分，經循行政程序未獲救濟時，受處分之公務員，仍得依本院釋字第二四三號解釋意旨，依法提起行政訴訟，請求救濟」。
釋字第491號解釋則對專案考績一次記二大過，重申上開釋字第298號解釋意旨，並表示「中央或地方機關依公務人員考績法或相關法規之規定對公務人員所為免職之懲處處分，……，實質上屬於懲戒處分」，並揭示懲處處分的構成要件，法律以抽象概念表示者，應符合法律明確性原則的認定標準；釋字第583號解釋亦認依「公務人員考績法第十二條第一項第二款所為免職之懲處處分，實質上屬於懲戒處分」，因其未設懲處權行使期間，認有關公務員懲處權行使期間，應類推適用公務員懲戒法相關規定，另並要求「有關機關應就公務員懲戒構成要件、懲戒權行使期間之限制通盤檢討修正，公務人員考績法有關懲處之規定亦應一併及之，附此指明」。
從上開解釋中，尤其是釋字第491號解釋協同意見書與不同意見書或釋字第583號解釋部分不同意見書的辯證，可以得出當時多數大法官的基本立場：肯認懲戒與懲處併行（或稱懲戒雙軌制）的合憲性。亦即，依公務人員考績法或相關法規的規定對公務人員所為免職處分，實質上仍屬懲戒處分，為維持長官監督權所必要，得由中央或地方機關為之，並在肯定其合憲性的基礎上，認公務人員若有不服，應向掌理懲戒事項的司法機關提起救濟，由其為合法性及合目的性的最終審查與決定，使懲戒與懲處最終相銜接於掌理懲戒事項的司法機關。
免職懲戒權與權力分立原則
權力分立原則作為民主法治國家的組織原則，要求將國家權力區分為行政權、立法權及司法權三者，並彼此相互制衡，防止國家恣意與權力濫用，以保障人民的自由權利。此外，權力分立原則也要求國家決定應由在組織、配置、功能及程序方式等具備最佳條件的機關來做成，以維護國家決定的客觀性與正確性。
藉由司法權中立性與獨立性的形塑，司法權原則上是以事後審查方式制衡行政權，只有在例外情況下，如法院事後審查不足提供人民有效的權利保護時，始有必要由司法權取代行政權直接為決定。懲戒權本屬行政考核監督權的作用範圍，直接由司法權對公務人員為免職的懲戒，並非權力分立原則的必然要求，此觀諸英、美、日等國家的懲戒制度，司法權是居於行政的事後審查者地位自明。
免職懲戒權專屬於司法權非憲法第77條規定解釋的當然結果
我國憲法採五權分立的政府體制，縱不論憲法第77條由司法權掌理公務員懲戒的規定，在制憲過程與監察院彈劾權的對應關聯性，由司法權直接為公務員免職的懲戒決定，或由司法權對行政機關為公務員免職的懲戒（處）處分，以事後審查方式做最後決定，均在憲法第77條規定的文義範圍內。
憲法增修條文第6條第1項第3款規定，考試院掌理公務人員的任免、考績等法制事項，而考績及其獎懲密切關連，亦為解釋憲法第77條規定時所不能忽略。由行政機關依公務人員考績法規定所為免職，固屬對公務人員服公職權利為最大干預，但若司法權的事後審查，已足提供公務人員有效的權利保護，且最後仍由司法權為終局決定，仍符合司法院為最高司法機關的定位及保障人民自由權利的憲法功能，免職懲戒權專屬於司法權，尚非憲法第77條解釋的當然結果。
免職懲戒權是否由司法權直接行使是制度選擇問題
德國聯邦公務員懲戒法，其採取懲戒一元化的規定，無類如我國的懲處制度，惟申誡、罰款、減俸及減少退休金的懲戒措施，是由行政機關以行政處分之方式為之，至於降級、免除公務員關係（Entfernung aus dem Beamtenverhältnis）及剝奪退休金則須提起懲戒訴訟，由行政法院懲戒專庭為之。但各邦懲戒法規定未必與聯邦公務員懲戒法相同，如巴登-符騰堡（Baden -Württemberg）邦的邦懲戒法，其懲戒措施與聯邦公務員懲戒法相同，不過懲戒措施均是由行政機關作為懲戒機關，以懲戒處分為之，但減俸、降級、免除公務員關係、減少退休金及剝奪退休金，須得到較高懲戒機關（或法律監督機關）同意，始得為之，且不論何種懲戒措施，均是在不須經先行程序下，向行政法院提起救濟，德國聯邦憲法法院在2020年1月14日判決中，即認該邦懲戒法規定已提供公務員有效的權利保護，縱免除公務員關係非規定由法院判決為懲戒，並不生違反基本法第33條第5項規定的違憲結果。由此可見，免職懲戒權是否由司法權直接行使，是制度選擇問題，重點在於由行政機關為之時，司法權的事後審查是否已提供公務人員有效的權利保護。
年終考績免職為具懲戒性質免職處分的商榷
免職處分可分為具懲戒性質與不具懲戒性質的免職處分，具懲戒性質的免職處分始涉及憲法第77條所規定司法院掌理公務員懲戒的問題。公務人員任用法的免職處分，是公務人員消極任用資格之問題，並不具懲戒性質，較無疑義。至於公務人員考績法的免職，可再分為年終考績免職及專案考績免職，前者是以平時考核為依據，於每年年終辦理，綜合工作、操行、學識、才能予以評分後，考列甲、乙、丙、丁四等第，考列丁等應予免職；後者係於有重大功過時行之，一次記二大過者，亦應予免職。年終考績丁等免職，著重於公務人員年度整體表現，為不適任公務人員的汰除機制；專案考績一次記二大過，則側重於公務人員發生重大違法、失職行為時的制裁。
因公務員之懲戒乃國家對其違法、失職行為的制裁，專案考績一次記二大過，對公務人員所為免職之懲處處分，應方具實質懲戒的性質。若年終考績丁等免職須由懲戒法院直接以判決為之，懲戒法院無異從行政之事後審查者變成行政的第一線管理者，於此必須思考在公務人員考績等第的決定上，司法權為第一次決定的功能最適性問題。又在公務人員平時考核無獎懲抵銷而累積二大過者，年終考績應考列丁等而免職之情形，個別懲處始具懲戒性質，考列丁等免職係其已達不適任之情形，故該免職處分是基於汰除目的而為，否則將難免對原違法、失職行為進行雙重評價的質疑。
結語
懲戒一元化的議題是大法官曾多次審理的問題，並已提出解決之道，在行政的一線管理者或行政的事後審查者間，尋求司法權在免職懲戒權的最適角色，兼顧考試權與司法權各自的功能。
在公務員懲戒法及公務人員考績法等相關法律尚未依釋字第298號解釋意旨修正前，目前實務運作，仍循釋字第243號解釋意旨，對依公務人員考績法所為免職處分的救濟，均是向保訓會提起復審，並得再向行政法院提起行政訴訟。惟在釋字第785號解釋之後，保訓會重新檢討公務人員對人事行政處分得提起復審的範圍，對於原僅能循申訴、再申訴途徑救濟的申誡、記過、記大過等懲處，均已納入復審救濟的範圍。
若在前揭大法官解釋肯認懲處制度的合憲性下，釋字第298號解釋所勾勒的救濟架構，應不再侷限於足以改變公務員身分或對公務員有重大影響的懲戒處分，公務人員考績法所規定的懲處種類，均得向懲戒法院聲明不服，此也許是未來制度設計上可以思考的方向之一。