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博士論文：Hazardous Waste Management: Establishing A Framework for Taiwan（指導教授：Dr. Wen K. Shieh, University of Pennsylvania, USA, 1991）
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專書：
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1. 邱文彥等，《研訂國家環境教育法之研究》（台北：行政院環境保護署，民82年）
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2. 邱文彥，《我家住在福爾摩沙：環保與發展的雙贏思考》（台北：胡氏圖書，民86年）
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3. 邱文彥等主編，《海洋與台灣：永續發展》第1 集：氣候變遷與海洋保護（台北：財團法人台灣研究基金會、國立臺灣海洋大學，民98年）/ （本套書共3集）
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4. 邱文彥等主編，〈鑑往知來：回顧高雄與台北海洋宣言〉，《海洋與台灣：永續發展系列》（第1 集：海洋戰略與海域治理）（台北：財團法人台灣研究基金會、國立臺灣海洋大學，民103年）/ （本套書共3集）
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5. 邱文彥，《行旅隨筆》（台北：韋伯文化國際，民104年）
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6. 邱文彥，《海洋與海岸管理》（台北：五南圖書公司，民106年）
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期刊論文：
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(一)中文期刊：
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1. 邱文彥，〈海洋國土的規劃：願景、範圍與主要議題〉，《都市與計畫》：34（3），241-272 （民96年）（TSSCI）
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2. 邱文彥，〈海洋立法與海洋治理的挑戰〉，《航運季刊》：25（1），1-25（民105年）
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3. 邱文彥，〈國家公園內水下文化資產之保存與挑戰〉，《海洋及水下科技季刊》：28（2），11-17（民107年）
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4. 邱文彥，〈1955年古帆船「自由中國號」船員登釣魚台史實考證及其意義〉，《文化資產保存學刊》：47，73-96（民108年）
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5. 邱文彥，〈從海洋政策觀點論臺灣離岸風場之發展〉，《國家發展研究》：18（2），55-122（TSSCI）
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(二)外文期刊：
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1. Yi-Che Shih, Chiu L. Chou*, Wen-Yan Chiau. （2009）, Geographic information system applied to measuring benthic environmental impact with chemical measures on mariculture at Penghu Islet in Taiwan. Science of the Total Environment. 407（6）:1824-1833. （SCI）
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2. Yi-Che Shih, Wen-Yan Chiau*.（2009）, Marine Protected Area Planning Experiences at Chinwan Bay in Penghu, Taiwan. Ocean & Coastal Management,Vol. 52（8）: 433-438. （SCI）
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3. Yi-Che Shih, Wen-Yan Chiau*, Chiu L. Chou.（2010）, Maritime safety for fishing boat operations and avoidable hijacking in Taiwan. Marine Policy.3（2）:349-351. （SSCI）
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4. Tai-An Peter Chen, Tzu-Chien Chang, Wen-Yan Chiau, Yi-Che Shih.（2013）, Social economic assessment of coastal area industrial development: An application of input–output model to oyster farming in Taiwan. Ocean & Coastal Management, Vol. 73: 153-159. （SCI）
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5. Shih-Chang Lin, Yi-Che Shih, Wen-Yan Chiau*.（2013）, An impact analysis of destructive fishing and offshore oil barges on marine living resources in Taiwan Strait. Ocean & Coastal Management, Vol. 80: 119-131.（SCI）
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6. Chao-Kai Yang, Wen-Yan Chiau, Yi-Che Shih*. （2016）, Sediment characteristics under and around cobia cage farms at Penghu, Taiwan, as visualized by Redox potential and sulfide content profiles using GIS as documentation tool. Journal of Aquaculture & Marine Biology, Vol. 4 （6）: 00101. DOI: 10.1546/jamb.2016.04.00101.
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7. Yi-Che Shih*, Yen-Chiang Chang, Warwick Gullet, Wen-Yan Chiau. （2020）, Challenges and Opportunities for Fishery Rights Negotiations in Disputed Waters – A Taiwanese Perspective Regarding the Fishing Boat Case Incident. Marine Policy. 121. https://doi.org/10.1016/j.marpol.2019.103755 （SSCI）
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8. Ching-Ching Kuo, Ching-Hsiewn Ou, Wen-Yan Chiau*, Chao-Shing Lee. （2023）, Challenges and conflicts in the designation of Taiwan’s underwater cultural heritage protected areas. Marine Policy, 105656 （SSCI）